Das sind immer 2 Seiten:
1. Die Links müssen ja in der Form ..de/meineseite/var1/var2/var3/ auf deiner Seite stehen (falls da bisher meineseite.php?id=1 steht)
2. ..de/meineseite/var1/var2/var3 muss dann eine php Datei aufrufen, nur das ist die Arbeit von mod_rewrite
Was für ein System nutzt du denn, oder sind die PHP Dateien komplett selbst geschrieben?
Heutzutage löst man das Problem in der Regel indem man einen Router einsetzt, der einem dann eine Funktion bietet, um die Links für 1. zu generieren und auch um dann 2., nachdem Mod Rewrite alle Anfrage auf eine index Datei weitergeleitet hat, den eigentlich auszuführenden Code (mit Parametern) aufrufen kann.
Ohne deine Struktur zu kennen, kann man dir nur bedingt weiterhelfen, da die Frage zu unspezifisch ist.
Soll in deinem Beispiel
meineseite.php?id=1 äquivalent zu meineseite/id/1 sein?
Ein generellen Ansatz kann ich dir jedoch liefern.
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
Damit werden alle Requests, die nicht direkt eine existierende Datei aufrufen, auf eine index.php weitergeleitet.
Diese kann anhand der $_SERVER['REQUEST_URI'] bestimmen, was eigentlich aufgerufen werden soll. In deinem Fall wäre das dann wohl beispielsweise nur der include einer anderen Datei und ggf. das setzen von ein paar Variablen.