Auch mal die .htaccess-Datei prüfen ob die Datei schreibrechte (444) hat über den FTP bzw. serverseitig, wenn ja, dann die Schreibrechte entfernen.
Und auch gleich die Datei durchsuchen nach verdächtigen Einträge.
Wenn die .htaccess Datei inordnung ist, dann solltest du mal all deine Verzeichnisse überprüfen ob diese verdächtige PHP-Dateien enthalten mit komischen namen oder z.B. auch upload.php
Hacker hinterlassen oft Hintertürchen, damit sie später erneut Schaden anrichten können, z.B. Mailware oder Spam-Mails versenden usw...
Generell alle Verzeichnisse und PHP-Dateien auf Schreibrechte überprüfen, insbesondere Dateien wie z.B. index.php, index.htm, index.html eben alle Dateien mit dem Namen index, oft wird dort auch ein Script eingeschleust (ganz oben oder ganz unten im Quellcode).
Passiert oft bei den kostenlosen (Free-)Hoster wie z.B. ohost, funpic usw...
Bei Funpic hatte ich (und andere auch) mal so ein Fall, war ein paar Jahre her, war ein serverseitiger Angriff.
Hatte vor ein paar Monaten einen/mehrere Hacker die eine Datei aus dem Adminbereich des osCommerce-CMS ausgenutzt haben um FTP-Zugriff zu bekommen, dabei wurde die .htaccess-Datei bearbeitet, Html-Seiten mit verdächtigen Inhalt und Namen hochgeladen, eine "upload.php"-Datei (in das images-Verzeichnis) wurde ebenfalls hochgeladen womit man Dateien hochladen konnte wenn man sie aufgerufen hat (habe es getestet und das script angeschaut) und die Seite mit dem osCommerce-CMS wurde von Google gesperrt.
Naja nach einwenig Arbeit (neues Sicherheits-Update von osCommerce, hatten mehrere User) und einem Bericht von 1und1 (über die Ursache und Details zum Hackangriff) war alles wieder inordnung und die Seite entsperrt und hatte seither keine Probleme mehr.
Hoffe konnte dir einwenig helfen, Tipps geben.